早在1921年创建之时，厦门大学就成立了商学部，并设立工商企业管理科系。

　　1952年全国院系调整，企业管理系被调整到上海财经学院。1979年，在厦门大学经济系计划统计专业企业管理教研室的基础上，恢复了企业管理专业，并于翌年招收了企业管理专业本科生，1982年开始招收企业管理专业硕士研究生。1982年厦门大学在全国率先成立了经济学院，企业管理专业与会计学专业合并组成了会计与企业管理学系，招收培养会计专业和企业管理专业的本科生和研究生。1985年，单独设立了企业管理学系。目前有企业管理专业硕士点和企业管理专业博士点，设有工商管理、人力资源管理和理财学3个本科专业，企业管理专业1999年被评为省级重点学科。