同济大学化学系始建于1937年，首任院长为王葆仁先生。早期，化学系曾为国家造就了大批化学、化工专家，包括唐有祺、卢佩章、黄志镗、曹楚南、邓景发、戚正武 6位中国科学院院士。1952年，国家院系调整，化学系主要部分并入复旦大学、华东化工学院等高校。剩余部分教师组成化学教学小组，承担基础化学课程的教学任务。1958年起，又重办应用化学专业，1958~1964年间连续招收和培养了三届应用化学专业学生；后因国家整体经济调整，停办应用化学专业。
　　1980年，经国务院批准同济大学重新恢复应用化学专业，并于1982年开始重新招生。此后，
 
同济大学化学系得以迅速发展，在科研和教学均取得了长足的进展。九十年代以来相继获得了分析化学、无机化学、有机化学、应用化学、物理化学等硕士学位授予权，2003年获得了无机化学二级学科的博士学位授予权，2006年又获得化学一级学科博士学位授予权。经过几代化学人的共同努力，化学系学科建设取得了重大突破，为新一轮的发展奠定了坚实的基础。
　　 同济大学化学系拥有一支知识结构、学历结构、年龄结构和职称结构合理、团结协作、学术思想端正活跃的学术队伍。专任教师中70%以上具有博士学位。各学科带头人及其学术骨干在相关研究方向均有较高的学术造诣。近三年在纳米化学、化学计量学、吸附与催化、高分子化学、功能材料的分子设计与组装、化学生物学与生物物理化学等主要研究方向取得了较为丰硕的成果，发表了400余篇SCI学术论文，申请了多项专利，并有多项成果获省部级奖励，产生了较好的社会效益和经济效益。目前在研国家自然科学基金、 973项目、863项目等国家级项目20余项，省部级基金项目40余项。