张治洲教授（1967年12月生）（海河学者）

主要经历：
1985-1990中国科技大学生物系分子生物学专业毕业;1990-1994  中国科学院微生物研究所蛋白质工程实验室，北京中关村,参加牛凝乳酶原的基因工程和蛋白质工程;1994-1999 美国俄亥俄医学院生物化学与分子生物学系博士.转录抑制蛋白复合物TUP1/CYC8实现大范围基因表达调控的机制研究; 2000-2002  美国俄亥俄医学院生物化学与分子生物学系博士后. 大范围的基因表达调控研究;美国克立夫兰临床医学研究中心细胞生物学系博士后.细胞分子生物学/分子病理的研究.上皮细胞极性建立/维持之机理；肿瘤细胞失去极性的病理。2002—2005 上海交通大学BIO-X生命科学研究中心，多学科交叉研究项目联系人和专项负责人。硕士生导师和博士生联合培养导师,生物信息学教授; 2005-至今  天津科技大学食品工程与生物技术学院, 系统生物技术方向学科带头人，泰达BIO-X研究室负责人,海河学者特聘教授
专业会员： 美国科学协会会员;美国微生物学会会员;美国细胞生物学协会会员;人类蛋白组研究组织会员;首届中国微生物学会海洋微生物专业委员会委员等

现主要研究方向：

(I)基因(组)操作技术：基于生物信息学、功能基因组学和多学科BIO-X交叉研究的基 因( 组)技术研究，争取解决若干个基因组方面的重大技术。目前正在进行DNA计算研究以及与DNA 分子操作相关的生物技术研究开发,包括纳米基因扩增技术及在此基础上发展新一代通用基因 扩增技术；新型DNA测序技术及在基因组学研究开发中的应用；基于DNA序列和基因组学的仿伪认证技术.
(II)基因网络的结构与技术研究: 相关技术将有广泛的应用领域.
(III) 在以上基础上逐步开展营养基因组学研究.

主要研究任务及所负责任和作用：
1．国家高技术863研究发展计划(项目负责人) No. 2003AA226011，2003~2005. 可程序自律性DNA计算机的研制。90万.已结题。      
2. 上海市科学技术发展基金(项目负责人) No. 02JC14029， 2002~2005. DNA分子在计算学科中的应用研究。 40万.已结题。                     
3. 留学回国人员科研启动基金 (项目负责人)，2002~2004. 血液蛋白组学:一种个体化治疗、康复和长寿方法的前期研究。3万.已结题。 
4. 教育部科学技术研究重点项目(项目负责人) No. 03066，2002~2005.蛋白组学新方法研究：精神分裂症病理和一个基于基因调控和蛋白相互作用的生物大分子局域网。12万.已结题。
5. 上海市科学技术发展基金创新团队专项(项目负责人之一，共同申请人和核心执行者) No. 03DZ14025， 2003~2006. DNA计算机的基础理论与研制基础的研究。总额800万.本人负责几个子课题的研究.
6. 上海网格中心基金重点项目(项目负责人)，2004-2005， DNA自组装和复杂生物学数据模式识别相关的超级计算（I）。已结题。
7. 上海2004-2005针对优秀本科生的研究计划，项目负责人。真核细胞生物信息的规模集成，项目编号：T0800709；已结题。
8. 上海2004-2005针对优秀本科生的研究计划，项目负责人。基于自动机原理的DNA自组装算法研究，项目编号：T0800710。已结题。
9. 国家自然基金(项目负责人) No. 30570401。2006-2008。基于DNA自动机过程的双链DNA序列测定的新方法。在研。
10. 天津科技大学特聘教授启动基金(项目负责人)。2005-2008。纳米基因扩增技术研究。在研。
11．参与若干其它国家级项目如863，973等若干项。

主要专利发明情况：

	专利名称	发明人	专利申请号
1	基于DNA自动机过程的双链DNA序列测定的方法	张治洲，胡钧，贺林	200410093095.2
2	基于DNA电化学反应的基因认证技术	樊春海 张治洲	200410099297.8
3	与计算机杂合的DNA表面计算用寡核苷酸芯片的制备方法	张晓东，吴凝，潘加奎，张素，胡钧，张治洲	200410093094.8
4	核酸聚合酶链式反应（PCR）扩增的优化方法	李海阔、黄洁欢、吕军鸿、张晓东、张治洲、胡钧	200410099186.7
5	用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列	张晓东，吕鸣，胡钧，贺林，张治洲	200510023458.X
6	核酸聚合酶链式反应（PCR）扩增的优化方法	李海阔、黄皆欢、张晓东、胡钧，樊春海，张治洲	200510023780.2
7	Method of Optimizing Amplification in PCR	Haikuo Li, Jiehuan Huang, Xiaodong Li, Zhizhou Zhang, Chunhai Fan and Jun Hu	国际专利PCT/CN2005/002345

国内外主要论文（*号表示是文章负责人）

(SCI) Prediction of protein subcellular localization using sequence motif information based on support vector machine. Ning Wu, Zhao Zhang, Zhang Su*, Zhizhou Zhang*, Yazhu Chen. 2006. Submitted.
(SCI）Construction of Molecular Logic Gates with a DNA-Cleaving Deoxyribozyme. Xi Chen, Yifei Wang, Zhizhou Zhang*, Chunhai, Fan* and Lin He*. 2006。Angew. Chem. Int. Ed.. Vol.118( 11 ): 1791 - 1794（平行负责人）[Impact Factor: 9.1]( 2006年4月3号中国科学院主页头版头条报道)
(SCI）Development of nano-scale DNA computing devices. Zhizhou Zhang* ,Chunhai Fan and Lin He. Current Nanoscience, 2005， Vol. 1, No. 1, pp 91 – 95.
(SCI) Electrochemical interrogation of DNA monolayers on gold surfaces. Ruojun Lao, Shiping Song, Haiping Wu, Lihua Wang, Zhizhou Zhang*, Lin He, Chunhai Fan*. Anal. Chem.2005, 77,6475-6480.( 平行负责人) [Impact Factor: 5.45]
(SCI) Nanoparticle PCR: Nanogold-assisted PCR with enhanced specificity. Haikuo Li, Jiehuan Huang, Xiaodong Zhang, Zhizhou Zhang*, Chunhai Fan* and Jun Hu*.  Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44(32):5100-3.（平行负责人。被评为VIP封面文章. [Impact Factor: 9.1](国内外几十家网络媒体已经报道该研究)
Association study between NPY and YWHAH gene polymorphism and schizophrenia. Wang Hongsheng, Duan Shiwei, Xing Qinghe, Li Xingwang, Xu Yifeng, Zhang Zhizhou, Wang Yujiong, Feng Guoyin, He Lin. Acta Genetica Sinica, 2005, 32(12): 1235-1240.
(SCI) Dongmei Xiao,Wenxia Li, Zhizhou Zhang and Lin He. Solving maximum cut problems in the Adleman-Lipton model.  BioSystems 82 (2005) 203–207.
(SCI) Convergence Analysis of Genetic Regulatory Networks based on Nonlinear Measures. Hongtao Lu, Zhizhou Zhang and Lin He. The International Symposium on Neural Networks (ISNN2005). Springer Lecture Notes in Computer Science 3496: 247-252, 2005.
(SCI) An association study of the N-methyl-D-aspartate receptor NR1 subunit gene (GRIN1) and NR2B subunit gene (GRIN2B) in schizophrenia with universal DNA microarray. Shengying Qin, Xu Zhao, Yuxi Pan, Jianhua Liu, Guoyin Feng , Jingchun Fu, Jiying Bao, Zhizhou Zhang and Lin He,2005.(Euro. J Hum Genet,13（7）：807-814。影响因子：3-4)
(SCI) Zhang Min, Li Guoqiang, Fu Yuxi*, Zhang Zhizhou*, He Lin*. Typing Aberrance in Signal Transduction. In: Proceeding of The First International Conference on Natural Computation, Lecture Notes in Computer Science 3612, pp. 668–677, 2005: Springer.
(SCI) Dong Zhupeng, Dong Xiaoju, Xu Xian, Fu Yuxi*, Zhang Zhizhou*, He Lin*. An Implementation for Mapping SBML to BioSPI. In: Proceeding of The Second International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery, Lecture Notes in Computer Science, 2005: Springer.
(EI) 董驻鹏, 董笑菊, 徐贤, 张治洲, 贺林等. 系统生物模型转换研究. 上海交通大学学报. 2005年8月.
张治洲*, 贺林. DNA 计算与基因组学研究.  《高性能计算技术》约稿，2005，Vol.3,p13-17。最近被《中国科技经典文库》收录。
张治洲* 等，高度并行计算和高度并行输出同步实现的一种DNA计算模型。《高性能计算技术》约稿，2005，已接受。
(SCI)Predicting Protein Subcellular Location Using Digital Signal Processing Approach。Pan Yu-Xi, Li Da-Wei, Duan Yun, Zhang Zhi-Zhou, Xu Ming-Qing, Feng Guo-Yin, He Lin。ACTA BIOCHIM BIOPHYS SIN，37(2):88-96,2005.
(SCI) Representation of the Signal Transduction with Aberrance Using Ipi Calculus。Zhang, M., Li, G., Fu, Y.*, Zhang, Z*., and He, L*. In: Proceeding of International Symposium on Computation and Information Science, Lecture Notes in Computer Science 3314, 2004.11, Springer.
(EI) Large-scale Integration and Visualization of Cellular Information in System-level. LI Guoqi, ZHAO Li, ZHANG Zhizhou*, SHENG Huanye & He Lin. The Proceedings of the China Association for Science and Technology. Vol.1  No.1, p85-90. Science Press, October, 2004.(ISTP)
用SVM方法面向全蛋白组大规模预测生物膜蛋白类型. Guo zongming, Zhang zhizhou, Pan yuxi, Feng Guoyin, Huang zhende and He Lin. 2004.上海交通大学学报,Vol.38(5):806-809.
(SCI) Linearly programmed DNA-based molecular computer operated on magnetic particle surface in test-tube. ZHAO Jian*, ZHANG Zhizhou*, SHI Yongyong,Li Xiuxia & HE Lin.2004. Chinese Science Bulletin, Vol 49, No.1, 17-22.
(SCI)Highly sensitive biosensors based on water-soluble conjugated polymers. XU Hui, WU Haiping, FAN Chunhai*, LI Wenxin, ZHANG Zhizhou, HE Lin. Chinese Science Bulletin. 2004, Vol.49 No.21:2227-2231.
基于水溶性导电高分子材料的高灵敏度生物传感器.徐慧,武海萍,樊春海*,李文新,张治洲,贺林.科学通报，2004。Vol. 49(19):1925-1929.
基因表达抑制机理的生物信息学研究. 李华，张治洲*。 生物信息学。2004，Vol.2(3):31-35。
DNA计算研究的一些最新进展。张治洲*，贺林*。生物技术世界(Biotech World)，2004，Vol.10，p 47-48.
系统生物学的语言. 张治洲* (译)。生物技术世界(Biotech World)，2004.Vol.2, p23-26.
DNA计算机的分子生物学研究进展. 张治洲*，赵健，贺林. 2003. 遗传学报, 2003, 30（9）：886-892.
(SCI) Application of Pseudo Amino Acid Composition for Predicting Protein Subcellular Location: Yu-Xi Pan, Zhi-Zhou Zhang, Zong-Ming Guo, Guo-Yin Feng, Zhen-De Huang,and Lin He. （Journal of Protein Chemistry, 22（4）, 395-402. 2003）
运行于磁珠表面的可编程DNA计算机。赵健#，张治洲#*，师咏勇，李秀霞，贺林。2003，科学通报Vol.48(23): 2422-2427
(SCI)Functional dissection of the global repressor Tup1 in yeast: dominant role of the C-terminal repression domain overlapping the first WD repeat. 2002. Zhizhou Zhang, Usha Varanasi, and Robert Trumbly. (Genetics 161:957-969. 2002,影响因子:4.8)
(SCI) Mutations of the WD repeats that compromise Tup1 repression function maintain structural integrity of the WD domain trypsin-resistant core . Zhizhou Zhang, Usha Varanasi, Pauline Carrico, and Robert J. Trumbly. Archives of Biochemistry and Biophysics 406:47-54,2002,影响因子:2.47.
(SCI) DNA Add Using Linear Self-Assembly. Lulu Qian, Jian Zhao, Qiang Liu*, Zhizhou Zhang* and Lin He*. 2006. Submitted.
(SCI) OligoPool:表面DNA计算序列设计工具.吕鸣，张晓东，潘家奎，张治洲，贺林，胡钧. 2006. Submitted.
(SCI) Indian hedgehog directly induces both chondrogenesis and osteogenesis in C3H10T1/2 mesenchymal stem cell line. Shengzhen Guo, Hongsheng Wang, Junwei Meng, Xinzhi Zhao, Jian Zhou, Gang Ma, Jianxin Hu, Bo Gao, Zhizhou Zhang, Anli Shu, Guoying Feng and Lin He. 2006. Submitted.
基于表面的DNA计算。张晓东, 潘加奎, 张治洲。2006. Submitted.
(SCI) Charaterization of type-II restriction enzymes as novel DNA-computing hardware. Zhao Jian，Chen Peng, Zhao Jian, Zhang Zhizhou* and He Lin*. 2006.Submitted.
(SCI) A novel algorithm for designing large amount of DNA sequences for DNA computing and functional genomics study. Wang Sheng, Liu Qiang, Lin He and Zhizhou Zhang*. 2006. Submitted.
GeneBank Entries（国际基因库注册新基因）
AF318489: “Homo sapiens syntaxin 4 (STX4) precursor RNA,complete cds”. Zhizhou Zhang*, Loh E., Low S H., Li X., Miura M., An F., and Weimbs T. (14-DEC-2000)

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